正确答案是 A

第一步，本题考查基础应用题，用数字特性法解题。

第二步，由甲班男女生比例为5∶6，得甲班人数为5＋6＝11的倍数，又因甲班有40多名学生，故甲班总人数为44人，其中男、女生分别有44×5/11＝20（人）、44×6/11＝24（人）。同理，乙班总人数为5＋4＝9的倍数，总人数45人，其中男女生分别有25人、20人。

第三步，两班男生之和为20＋25＝45（人），女生之和为24＋20＝44（人），因此男生比女生多1人。

因此，选择A选项。